Σε ηλικία 82 ετών, έκλεισε για πάντα τα μάτια του ο Ισίδωρος Αραπάκης. Η απώλειά του προκάλεσε θλίψη στα παιδιά του Λουλούδη, Παρασκευή, Γιώργο, Ιωάννα, στα εγγόνια του και στους υπόλοιπους συγγενείς.  

Η κηδεία του τελέστηκε το απόγευμα της Τρίτης 18 Αυγούστου, στον ιερό ναό Αναστάσεως του Λαζάρου, στο νέο Κοιμητήριο της Χαλκίδας, στο Πέι Δοκού, όπου συγγενείς και φίλοι της οικογένειας τον συνόδεψαν στην τελευταία του κατοικία.